Program „Przedsiębiorstwo Fair Play” bazuje na rzetelnej, dwuetapowej weryfikacji firm. W pierwszym etapie przedsiębiorstwa wypełniają ankietę nt. swojej działalności. Firmy, które zdobędą wymaganą regulaminem liczbę punktów, przechodzą do drugiego etapu i odbywa się w nich audyt. Równocześnie prowadzone jest badanie opinii losowo wybranych kontrahentów. Wyniki audytu są umieszczane w raporcie, który razem z podsumowaniem badania wybranych kontrahentów otrzymuje Komisja Ogólnopolska. Na podstawie raportów Komisja przygotowuje dla Kapituły Programu rekomendacje dotyczące przyznania lub nieprzyznania certyfikatu oraz nagród głównych. Decyzje ostateczne podejmuje Kapituła Programu, w skład której wchodzą przedstawiciele instytucji otoczenia biznesu, nauki, mediów, przedstawiciele władz samorządowych i doświadczeni przedsiębiorcy.